为了保证螺杆空压机的安全运行，油路必须清洁，无杂质夹带。因为即便是少量杂质进入高速运行的轴承、密封、调节阀，以及共用油系统的汽轮机轴承和调速器，也会造成严重故障，使轴承烧坏，使调节阀、调速器失效，危及整个机组的安全运行。
所以，新安装的油路系统必须仔细清洁，以除去夹带在管路及其附件上的油污、铁屑、焊渣、氧化物、灰尘等杂质保证油路畅通，调节机构运行准确灵敏，机组安全运行。其次每次机器深度维护后，油路系统也应清洁。
清洁步骤一般分阶段进行，具体如下：
让螺杆空压机润滑油进入油管、回油管、轴承箱、密封油腔，而不是调速器、跳闸阀、自动调节阀；同时卸下轴承瓦的上瓦和密封件，留下下瓦，使转子在气缸中得到支撑，也可以用油清洗专用假瓦代替下瓦。有些自动调节阀不通油，可以用手动旁通阀连接进排油管。对于没有旁路的调速器、跳闸阀等，需要连接临时管道。拆卸密封件的数量取决于具体结构，但要保证油不进入气缸。
一些工厂将这个阶段的工作分为两个步骤，即第一步是清洁所有油管，第二步是将油通入轴承箱和密封油腔。每次用8~12h的油清洗后，取下各过滤器的芯子进行检查，比较收集过滤器的渣滓。然后进行清洗，直到满足要求为止。关于油清洗质量检查的具体标准，没有统一的规定。一般来说，在这个阶段，各进油过滤器肉眼看不到过滤器，或者只有个别的细小过滤器，在过滤器的临时过滤器中，每平方厘米的杂质在2~4点以下即可。按照正常运行要求，安装所有轴承、密封等，使油通过所有部件。
滤清器也使用正规过滤器，螺杆空压机润滑油和控制油压力控制在正常工作压力下，密封油达到要求的油压差。使得滤芯及每一进油口滤网肉眼看不见滤渣，则油箱内油化学分析结果为无酸、无水、无灰尘。
